Asamblea General de Gobernadores
Es el máximo órgano de orientación política de la Federación, integrada por la totalidad de mandatarios regionales.
Consejo Directivo
Compuesto por siete gobernadores, elegidos por la Asamblea Nacional para períodos de un año. Además del Presidente y Vicepresidente, en el Consejo deben estar representadas las cinco regiones administrativas y de Planificación Corpes.
Director Ejecutivo
Elegido por la Asamblea General de Gobernadores por la mitad más uno de los Gobernadores, previa postulación que realice uno o más gobernadores, quien tomará posesión ante el Presidente de la Federación Nacional de Departamentos. Dicho cargo será de libre nombramiento y remoción. (Modificado por la LXXIX Asamblea General de Gobernadores, realizada en Manizales del 26 al 28 de noviembre de 2014).
Revisor Fiscal
Elegido por la Asamblea General de Gobernadores, para períodos de un año.
Secretario General
Elegido por la Dirección Ejecutiva.
Asesores
En las áreas Jurídica, Administrativa, Comunicaciones y Económica.